La profilassi è l'insieme delle misure necessarie per prevenire la comparsa, ostacolare la diffusione o ridurre l'importanza delle malattie trasmissibili negli animali. Tra queste vi sono misure "ambientali" (disinfezione, quarantena, limitazioni al contatto tra animali, gestione delle deiezioni) e misure rivolte al singolo animale (es. vaccini o farmaci).

Per prevenire le nuove infezioni è consigliabile evitare l'introduzione di animali da altri allevamenti o, se necessario, accertarsi dello stato sanitario dell'allevamento di provenienza e acquistare animali da mandrie sottoposte ad efficaci programmi vaccinali.

Inoltre è bene fare attenzione ai mezzi per il trasporto (meglio i propri...), applicare la quarantena e testare, attraverso gli esami del sangue disponibili, eventuali infezioni (es. Rinotracheite Infettiva-IBR, Diarrea Virale Bovina-BDVD).

Per aumentare la resistenza della mandria ad agenti patogeni occorre mettere a punto con il medico veterinario appropriati programmi di vaccinazione, ridurre gli stress ambientali (caldo, freddo, sovrappopolazione, igiene lettiera etc.), alimentari (soprattutto nel periodo asciutta-transizione) e fornire un'adeguata colostratura ai vitelli.

Nella gestione d'allevamento è necessario isolare gli animali con segni clinici inusuali, considerare l'autopsia nei casi in cui le cause di morte sono sconosciute, utilizzare culle individuali pulite e disinfettate per i vitelli, ridurre le contaminazioni dei secchi, degli impianti di alimentazione ed abbeverata e disinfettare opportunamente le attrezzature utilizzate per i trattamenti sanitari o utilizzare materiali monouso (F.A., cura piede, iniezioni ecc.).

Vanno inoltre applicate le misure necessarie per il controllo degli animali indesiderati (ratti, topi, uccelli).
Di estrema importanza per l'allevamento della vacca da latte è il controllo delle infezioni mammarie (mastiti infettive), delle zoppie con coinvolgimento batterico e delle metriti. L'impiego dei vaccini può conferire una maggior resistenza della mandria ai principali patogeni e limitarne la circolazione (Clostridi, IBR, BVD, Parainfluenza, Virus sinciziale) e la recente possibilità di impiegare vaccini marker permette il riconoscimento degli animali infetti rispetto ai vaccinati aumentando l'efficacia dei piani di controllo di alcune patologie.